En 2019, la salida de Hernán Gómez Bruera del Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora causó polémica tras detectarse diversas irregularidades en su labor como profesor-investigador.
Mientras que Gómez Bruera señaló que su despido fue resultado de una persecución política y censura por su relación con el gobierno de la Cuarta Transformación, el Instituto Mora emitió un comunicado en el que aclaró que la decisión fue producto de una evaluación académica.
Según el Instituto, Gómez Bruera solicitó ser liberado de sus responsabilidades docentes para coordinar una maestría, pero su desempeño en esta función fue calificado como «altamente insatisfactorio», lo que comprometió la conclusión de los estudios de los alumnos.
Además, se informó que Gómez Bruera realizó actividades remuneradas fuera de la institución sin la autorización correspondiente, a pesar de haber sido advertido sobre este tipo de prácticas.
Otro punto destacado en el proceso fue el manejo de un libro que debía entregar al Instituto, pero que fue publicado por una editorial privada bajo una cláusula de confidencialidad.
Estas acciones, junto con una falta de compromiso institucional, llevaron al Consejo Técnico Consultivo Interno (CTCI) a negar la definitividad de Gómez Bruera como profesor-investigador de tiempo completo.
Adicionalmente, fuentes no oficiales reportaron que Gómez Bruera supuestamente cobró a estudiantes por servicios académicos, lo cual va en contra de la ética profesional.
Esta acusación, sumada a las señaladas irregularidades en el uso de su tiempo laboral, fue un factor clave en su despido.
Aunque Gómez Bruera sostuvo que su salida fue consecuencia de represalias políticas, el Instituto Mora afirmó que la decisión se debió a incumplimientos en sus responsabilidades académicas y a prácticas irregulares.